2009年9月7日，国务院正式下发《关于同意设立烟台保税港区的批复》，由此，我国第13个、全省第2个保税港区获准正式成立。原出口加工区的区划由保税港区所替代，新批准的烟台保税港区区域面积由原来的2.96平方公里扩展到7.26平方公里。港区分为东、西两区，东区位于芝罘区环海路至烟台港作业区的中间区域，面积为5平方公里，西区位于烟台开发区内206国道至花岩村和河北村的中间区域，面积为2.26平方公里。其中港区按功能划分为四个区域：出口加工作业区占地2.96平方公里，物流作业区1.65平方公里，港口作业区2.5平方公里，公共查验区占地0.15平方公里。
    保税港区成立后，由原来单一的出口加工、制造，转变为仓储物流，对外贸易，国际采购、分销和配送，国际中转，检测和售后服务维修，商品展示，研发、加工、制造，港口作业等9项功能。保税港区享受保税区、出口加工区相关的税收和外汇管理政策，主要为：国外货物入港区保税；货物出港区进入国内销售按货物进口的有关规定办理报关，并按货物实际状态征税；国内货物入港区视同出口，实行退税；港区内企业之间的货物交易不征增值税和消费税。保税港区叠加了保税区和出口加工区税收和外汇政策，在区位、功能和政策上优势更明显。保税港区是我国目前港口与陆地区域相融和的保税物流层次最高、政策最优惠、功能最齐全、区位优势最明显的海关特殊监管区域，是真正意义上的境内关外，是在形式上最接近自由贸易港的政策模式。保税港区的建成，将成为区域性的国际贸易中心、航运中心和高新技术中心，成为制度创新和政策改革的试验区。烟台保税港区的建立是烟台建设国际化港口城市的需要，是山东省建设胶东半岛先进制造业基地、对外开放基地的重要部分，有利于进一步提高山东省对外开放水平，加速国际化进程。
    目前，已完成港区全封闭围档设施和路面硬化，预计明年7月份进行封关。保税港区批准以来,除了做好规划建设等基础工作以外，主要任务是抓住扩港机遇，做好招商引资工作，发挥港区独特政策优势，带动港区经济发展。市政府已组织有关部门到欧洲、美国、日本、韩国等国家进行招商引资。
    作为驻保税港区职能部门，工商分局紧紧围绕管委提出的建设区域性贸易中心、航运中心、高新技术中心目标，从三个方面入手，积极参与保税港区的规划建设。一是从工商部门管理商品交易市场职能出发，通过参观学习、市场调研、走访商户等形式向保税港区管委提交了建立保税港区重点商品交易中心的建议，得到了管委的充分肯定 ，管委明确将建立重点商品交易中心的规划与建设的任务交由工商分局组织实施。建议提出抓住扩区机遇，充分利用保税港区物流优势，兴建各类商品交易中心，带动保税港区规模膨胀。目前拟建设五个重点商品交易中心：国际酒类交易中心、进口旧汽车拆解交易中心、进口装饰材料交易中心、进口海产品交易中心和保税港区国际商品交易中心。目前这五个重点交易中心正处在规划论证或组织实施阶段，已初步确定龙头企业八家，引进进口酒类企业七家，引进物流企业五家，企业注册资金近亿元。保税港区重点商品交易中心的建成，将有效地发挥保税港区的政策优势，形成与区外市场的有机整合，加快推进港区一体化的进程。二是制定了一系列放宽搞活政策：对生产性、商业性企业在保税港区内设立仓储物流区的，可以不办营业执照；进口保税货物进入保税港区进行商业性简单加工向境内、外配送的，可不办营业执照；外商在保税港区内设立的国际商品展示区摆放商品样品的，可以不办营业执照；港区内生产加工企业在仓储物流区设立商品展示厅的，可以不办理营业执照；进入保税港区从事集装箱货物运输的运输企业，可以不受水运、铁运、陆运、空运等运输方式的限制；从事保税港区物流的物流企业，可以不受国际配送、国际采购、国际转口贸易经营范围的限制；从事保税区业务而在港区外登记的企业可以冠予保税港区区划名称。三是针对扩区带来进口商品增多的情况，工商分局超前筹划，建立了进口商品商标登记和商标授权委托备案制度，防止假冒国际品牌进入市场，保护进口商品的知识产权。